Les recommandations de la CMP, notamment celles relatives à la fixation de la peine, sont des outils de travail non-contraignants à l'intention des autorités de poursuite pénale. La CMP a pour but d'harmoniser autant que possible l'application du droit en Suisse, mais ne dispose d'aucune autorité quant à l'application de ses recommandations. Ces dernières sont donc des instruments facultatifs sur lesquels les autorités de poursuite pénale peuvent se baser pour rendre leur jugement. Par conséquent, il ne s'agit ni de directives, ni de "grilles de peines pénales" qui peuvent conférer des droits. L'un des éléments décisifs de la fixation de la peine reste la liberté d'appréciation du juge qui tranche sur la base des circonstances du cas d'espèce.

Il peut être nécessaire qu'une procédure soit dirigée par un-e procureur-e externe au canton et indépendant de celle ou celui-ci, en raison des particularités de l'affaire, essentiellement pour éviter toute discussion relative à l'impartialité ou l'apparence de partialité.

La CMP dispose à cet effet d’une liste de procureur-e-s qui sont à disposition pour, dans de telles situations, être désigné-e-s comme procureur-e extraordinaire. Cette liste, qui est protégée par un mot de passe et n'est pas directement accessible, n'est pas limitative.

Lorsqu'un canton ou la Confédération est à la recherche d'un-e procureur-e extraordinaire, la demande est en principe adressée à la/au procureur-e général-e du canton sollicité ou de la Confédération. Celle ou celui-ci propose un-e procureur-e figurant sur la liste, ou, en fonction des particularités de l'affaire ou de compétences spécifiques utiles à son traitement, un-e autre procureur-e.

Pour obtenir la liste, l’autorité s'adresse au Secrétariat général. Il est également responsable pour tous les avis de mutation des ministères publics.